色トレス線が交差している場合の含み塗りについて。

前々回の記事についてコメントを頂いたので、もう少しわかりやすく書いてみます。
作業はpaintmanです。

このような絵を作りたいとします。

２値化した状態がこれです。

で、次の段階でワンクリックでこのように塗れれば作業が楽なのですが…、

色を流し込むとこのようになってしまいます。

仕方ないので、赤線と青線が交差している箇所を目的の色で塗ります。

すると、このように色が流し込めます。
しかし、この作業を何百枚も何千枚もやるのはきついので、
なにかイイ方法は無いかなぁと思っていたのですが、
今回は結局この方法で全て塗りました。
疲れました…。

ちなみにコメントして頂いた方法だとこんな感じになってしまう気がするのですが、
みなさんどうしてるんでしょうか？